Die Kirchengeschichte von Schönenwerd reicht sicher bis ins 8. Jahrhundert zurück.
In fränkischer Zeit entsteht das Kloster „Werith“, das zuerst mit dem südfranzösischen Bischofssitz von Arles und seit 778 mit dem Domkapitel von Strassburg verbunden ist. Um 1030 wird das Kloster in ein adliges Chorherrenstift umgewandelt und die Stiftskirche erbaut.

Die Stiftskirche ist der älteste noch in Gebrauch stehende Kultusraum des Kantons Solothurn. Sie war den Heiligen Trophimus (aus Arles) und Leodegar (aus dem Elsass) geweiht. Ursprünglich hatte sie ein Westwerk mit zwei Türmen und einer Michaelskapelle. Die Chorherren unterhielten eine Schule. In der Zeit der Gegenreformation wurde die Kirche durch die sagenhafte Auffindung einer Marienstatue aus dem Bernbiet zu einem Marienwallfahrtsheiligtum. In der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts erhielt sie ihren heutigen barocken Turm und wurde im Inneren im Rokoko-Stil umgestaltet.

1874 wurde das Stift aufgehoben. Die Kirche fiel an die neu gegründete christkatholische Kirchgemeinde. Sie wird seit 1880 auch von den Reformierten benützt. 1938 wurde oberhalb der Stiftskirche eine neue römisch-katholische Kirche gebaut. Die drei Kirchgemeinden am Ort pflegen heute eine enge ökumenische Zusammenarbeit und führen viele Veranstaltungen und Gottesdienste gemeinsam durch.

Detaillierte Angaben finden Sie unter den Rubriken der einzelnen Kirchgemeinden.